Nhiều người hay nhầm lẫn BIOS với RAM CMOS trong cùng hệ thống. Sự nhầm lẫn này phát xuất từ thực tế là chương trình Setup trên BIOS được sử dụng để lập ra và lưu trữ những thiết lập cấu hình trong RAM CMOS. Trên thực tế chúng là hai thành phần tách biệt.
BIOS trên bo mạch chủ được lưu trữ trong chip ROM cố định. Cũng vậy trên bo mạch chủ một chip gọi là chip RTC/NVRAM, tên gọi tắt của đồng hồ thời gian thực/bộ nhớ ổn định (real-time clock/Nonvolatile memory). Đây là nơi các thông tin thiết lập BIOS được lưu giữ và nó thực sự là một chip đồng hồ với một ít byte bộ nhớ cộng thêm vào. Nó thường được gọi là chip CMOS bởi vì nó được làm để sử dụng công nghệ CMOS (complementary metal-oxide semiconductor).
Ví dụ đầu tiên của việc này được sử dụng trên PC là chip Motorola MCI468I8, có 64 byte dung lượng lưu trữ, trong đó 14 byte được dành riêng cho chức năng đồng hồ, 50 byte còn lại đế lưu trữ các thiết lập BIOS Setup. Mặc dù được gọi là ổn định, chip này thực ra là không ổn định, nghĩa là không có nguồn điện, các thiết lập thời gian/ngày tháng và dữ liệu trong phần RAM sẽ bị xóa trên thực tế. Chip này được nhiều người xem là ổn định vì nó được thiết kế sử dụng công nghệ CMOS, kết quả là một con chip vẫn đòi hỏi phải có nguồn điện nhưng ít hơn so với các chip khác. Một pin nhỏ có thể cung cấp nguồn điện đó khi hệ thống tắt nguồn. Chip đồng hồ nguồn pin/bộ nhớ thường được xem như chip RAM CMOS; mặc dù có phân sai lạc (hầu hết các con chip hiện đại đều sử dụng một hình thái của công nghệ CMOS), thuật ngữ này đã được sử dụng. Phần lớn chip RTC/NVRAM chạy trên 1 micro amp (1 phần triệu của một amp), do đó chúng dùng rất ít nguồn điện pin để vận hành. Hầu hết các phân tử pin lithium dạng đồng tiền có thể dùng trong 5 năm hay nhiều hơn trước khi pin chai và dữ liệu lưu trữ (bao gồm ngày và giờ) sẽ bị mất.
Khi bạn vào BIOS Setup, cấu hình tham số cho ổ đĩa cứng hay các thiết lập BIOS Setup khác và lưu chúng, những thiết lập này được ghi vào vùng lưu trữ trong chip RTC/NVRAM (hay còn còn gọi là chip RAM CMOS). Môi lân hệ thông của bạn được khởi động, nó đọc các tham số được lưu trữ trong chip RAM CMOS để quyết định hệ thống nên được cấu hình bằng cách nào.
Mối quan hệ tồn tại giữa BIOS và RAM CMOS nhưng chúng là hai phần hoàn toàn khác nhau của hệ thống. Một số hệ thống dùng những phiên bản đặc biệt của những chip này do Dallas Semiconductor, Benchmarq hay Odin (nhu là DSI2885 và DSI2887) chế tạo bao gốm cả chip RTC/NVRAM và pin trong một thành phần.
Tuy nhiên, ngày nay hiếm có những phần này trong các hệ thống hiện đại. Mặc dù chip CMOS RAM xuất phát nhu một chip riêng biệt trẽn bo mạch chủ, trong những hệ thống hiện đại nó không còn là chip riêng nữa, thay vì vậy được bao gồm như một trong những chức năng trong South Bridge hay thành phần Trung tâm bộ điều khiển I/O (I/O Controller Hub) của chipset bo mạch chủ.
